《使徒行者》故事结束后，薛家强（林峯饰）继续为刑事情报科执行任务，打击不同罪犯；而卓凯（苗侨伟饰）因三年前枪伤犯罪集团主脑钱瑞安（锺景辉饰）而被判入狱三年，在刑满出狱后并选择开设咖啡店安稳度日，却面临被黑帮追杀的危险。另一方面，情报科总督察章纪孜（黄智雯饰）与卓凯的前卧底郑淑梅（黄翠如饰）却怀疑卓凯意图投入黑道；暗中着手调查卓凯与黑道人士的关係......家强与卓凯侦查人口贩卖案件，保安局首席调查员韦作荣（马国明饰）合力侦破；保安局新设立的情报科邀请徐天堂（袁伟豪饰）加入，卓凯人在江湖，捲入黑帮话事人选举。昔日伙伴却以另外一个身份去参加选举，卓凯重遇应为已经被家强枪杀的老对手覃欢喜（许绍雄饰），并发现韦作荣的真正身份是昔日敌人魏德信（陈豪饰）之亲弟魏德礼，他正计划对众人报复，众人合力调查；揭发了一个个庞大的黑暗势力，顿时一股风云再次步步紧逼着......

第1集

多年前，卓凯任卧底潜伏崇联社头目韦杰身边，最终将他绳之以法，韦杰的儿子韦作荣却意外死亡。韦杰认定卓凯害死作荣，不时在狱中向他寻仇。卓凯刑满出狱，与妻子莫羡晴一起打理咖啡店。警方怀疑卓凯与金青社有关联，安排刑事情报科总督察章纪孜调查他。薛家强委派新人卧底朱倩混入模特儿公司，调查不同国籍少女在港失蹤的案件。朱倩发现该公司诱拐少女作不道德交易，家强暗中通知警方準备营救行动后却遭伏击，朱倩更被人捉走……

第2集

卓凯透过探员窦亚希约见纪孜，二人决定合作寻找失蹤的家强。家强负伤逃走，被名医韩建义的座驾撞倒。建义替家强疗伤，家强及后要求他做黑市换心手术却不成，出手绑架建义，反被建义手下包围。原来建义是器官贩卖集团的主脑，他决定与家强合作。卓凯与家强见面，得知朱倩是被建义所杀……家强认定朱倩之死是警队内鬼所致，求卓凯帮忙调查。家强受建义所託，与中介人克莱因接洽。克莱因欲夺去建义的生意网络，威胁家强合作。

第3集

卓凯跟纪孜与家强合作，查出警方内鬼就在专责小组之内。卓凯从外洩机密的电话，发现专责小组总警司范晓华有可疑，并于刑事情报科总警司梁健邦帮助下，取得晓华的手机。亚希监视建义的医务所，发现有神秘人晚间进出医务所，应是利用手术室摘取人体器官。亚希差点被发现，幸得家强相救。卓凯託前卧底郑淑梅调查作荣，竟发现作荣可能未死。羡晴神秘离开咖啡店，卓凯狱中好友林宝刚以为羡晴与人有染，暗中跟蹤，却发现羡晴身患重病……

第4集

羡晴因急性肝硬化被送院抢救，卓凯惊觉自己一直忽略羡晴，希望专心照顾她，纪孜遂接手卓凯的工作。克莱因与建义达成合作，为来港的富豪进行黑市器官移植手术。亚希自荐将自己的名字换入供体名单，混入集团救人。羡晴得到匿名者捐肝，未料那人竟是晓华。晓华要求卓凯取回手机证据，坦言只为拯救丈夫任尚宇……纪孜因户口长期有不明存款，被停职调查。羡晴手术顺利，卓凯鬆一口气。家强知道卓凯与晓华做了交易，表明不再与他合作……

第5集

亚希被关进狗场，发现其他供体。覃欢喜手下周文鼎与家强交收假证，家强始知欢喜未死，更是伪证集团幕后人。卓凯在电梯内开解纪孜，纪孜忆述以前被父亲虐打，并道出户口里大笔存款的来历。卓凯与纪孜着家强约克莱因见面，克莱因察觉不妥，向二人开枪，纪孜中枪倒下。家强现身解危，却引起克莱因怀疑。富豪们手术当日，亚希与一众供体被运往货柜基地，家强暗中放下通讯器，让卓凯等人找出位置。家强欲救走亚希等人，却被克莱因发现。

第6集

家强、卓凯与克莱因合力对付建义，建义释放麻醉气体尝试脱身却失败。晓华挟持亚希，要求释放建义替尚宇做换心手术。建义乘机抢夺晓华的手枪，混乱间尚宇中枪……克莱因的真正身份是保安局卧底韦作荣，纪孜认出他是当年击毙其父亲的警员。保安局成立安全情报机构，作荣邀请徐天堂加入，于不知家强卧底身份的情况下，收买他做线人。卓凯发现作荣是韦杰儿子，作荣却称不记得往事。卓凯遇上崇联社龙头接班人庞浩洋遇袭，对他甚为欣赏。

第7集

纪孜委派家强出任亚希的联络员，调查崇联社的非法线上赌场。家强对朱倩的牺牲尚未释怀，拒絶再当联络员。亚希学习赌博，準备扮赌徒渗入崇联。家强为接近赌场经理，捣乱蓝楠的跌打馆，导致跌打馆被揭无牌经营而停业。家强见蓝楠决心考牌，聘请她到沐足店工作。作荣与建义达成交易协议，建义交出国际罪犯资料来换取轻判。羡晴负责建义案件，上司要求她放弃传召晓华作证，羡晴坚拒。作荣向羡晴陈述利害，揭露卓凯曾为救她挺身犯法……

第8集

建义案件开审，羡晴传召晓华作证，却没提问关键问题。家强质问羡晴是否受作荣要胁，羡晴坦言不愿卓凯再次入狱。羡晴寻找曾获非法器官的人指控建义，换心男孩得悉真相后，欲自寻短见，幸得家强与羡晴阻止。男孩父母答应出庭作证，终令建义入罪。然而，羡晴的肝病情况急转直下……亚希故意在线上赌场欠下巨债，被浩洋手下捉走，家强向浩洋提议让亚希工作还债。崇联社大会上，元老决定以两个月为限，谁赚到最多钱就可当选龙头……

第9集

亚希被关进狗场，发现其他供体。覃欢喜手下周文鼎与家强交收假证，家强始知欢喜未死，更是伪证集团幕后人。卓凯在电梯内开解纪孜，纪孜忆述以前被父亲虐打，并道出户口里大笔存款的来历。卓凯与纪孜着家强约克莱因见面，克莱因察觉不妥，向二人开枪，纪孜中枪倒下。家强现身解危，却引起克莱因怀疑。富豪们手术当日，亚希与一众供体被运往货柜基地，家强暗中放下通讯器，让卓凯等人找出位置。家强欲救走亚希等人，却被克莱因发现。

第10集

亚希尝试拍下赌客名单时被捉住，原来卓凯想找出替浩洋对头人刘永禄办事的内鬼。亚希被怀疑是内鬼，惨遭毒打。家强发现亚希被调场，觉不妥，潜入赌场救出她。纪孜要亚希继续留下收集情报，家强终答应当亚希的联络员。卓凯找出真正内鬼，仍将亚希辞退。浩洋和卓凯向欢喜提出独家购买太空户口，但欢喜随即向永禄抬价，计划令他们两败俱伤，捧九指强成为龙头。纪孜邀卓凯做线人，合作对付永禄。亚希依家强指示，转往永禄赌场工作……

家强让以前的对头人阿火出了口气，成功说服他与永禄合作。家强受伤回到沐足店，蓝楠为替家强疗伤，几乎错过了中医考试。家强和永禄等合作愉快，引起总督察吕合星的注意。合星悉心照顾儿子吕正植，忆起正植妈妈在病危之际，竟呼唤着家强。韦杰在狱中被刺伤，浩洋认定是永禄指使，但卓凯劝他不要冲动报复。作荣探望韦杰，父子关係似有缓和……浩洋手下程景霖威胁亚希对付永禄，亚希偷偷将手提电脑接驳到伺服器上，但电脑突然爆炸……

亚希身陷火场得浩洋营救，家强认为浩洋对亚希有意，着她接近浩洋。永禄命手下把烧过的伺服器拿去维修，家强与卓凯合作把伺服器偷龙转凤。纪孜终有证据拘捕永禄，却见永禄户口内的巨款被神秘转走。卓凯发现欢喜与九指强为伍，带人包围，但天堂率保安局人员制止。原来欢喜与作荣合作，计划捧九指强做傀儡龙头。蓝楠弟弟蓝栋带足球队到沐足店，家强教正植踢球技巧。淑梅收到神秘硬碟，载有卧底张玉瑄的笔记，讲述当初奉命调查天堂……

玉瑄当年以同事身份监视天堂，发现他不甚合群，亦知他正受内部调查……淑梅看着玉瑄的卧底笔记，猜不出是何人寄来，亦无法向天堂问出更多往事。浩洋说出成长经历，得到亚希鼓舞，二人关係再进一步。正植用家强教的方法踢球，合星觉得家强教坏了正植，叮嘱正植不要再接近他。淑梅偷走纪孜的证件，冒充她盘问永禄的手下，并偷偷套取其指纹。亚希约浩洋来到他提过的凉茶舖，不料被老闆驱赶，亚希方知凉茶舖是浩洋父母所开……

浩洋诉说加入社团后被父母唾弃，亚希寄予同情并带浩洋到街头点唱，二人乐在其中。崇联社选举当天，九指强所赚盈利多于浩洋，卓凯赶至拆穿九指强盗取永禄的帐户，元老廉爷决定重选。浩洋向亚希表白，亚希一再迴避。廉爷探望韦杰，韦杰想出重选规则，有助浩洋提升地位。卓凯支持浩洋，欢喜力撑九指强，昔日好友各不相让。天堂刻意接近保安局副局长苏子安之女苏淼淼，二人擦出爱火花。淑梅再收到包裹，内附王永翔的卧底笔记……

永翔当年跟台湾南城帮来港进行毒品交易，行动前却收到指令改变计划。原来一切乃时任投诉及内部调查科的陈丽群所策划，丽群怀疑有卧底变节，委派永翔调查，嫌疑人竟是天堂。永翔成功接近毒贩高森，更得知高森脱罪与天堂有莫大关係。浩洋争取家强支持，家强以合作经营线上赌场作条件。浩洋再次向亚希表白，惟遭拒。卓凯和欢喜各自为浩洋和九指强造势，为了拉拢势力雄厚的大圣爷，卓凯不惜以其子作要胁，欢喜却已派出文鼎追击淑梅……

第16集

文鼎从淑梅手上救走大圣爷儿子，大圣爷还恩于欢喜，答允支持九指强。崇联社定下选举日子，恰巧是韦杰出狱之日，头目们顾念旧日恩义，纷纷转投浩洋。浩洋带亚希逛家俬店，憧憬二人未来。亚希向家强承认爱上浩洋，要求退出卧底任务。作荣与欢喜暗中会面，将国际犯罪组织「永恆帮」情报交给他。阿火遭家强出卖，到沐足店抢钱。家强逮住阿火，惟被合星误会而受拘捕。家强把正植遗下的颈链和学生证交还，合星意识到家强已知悉正植身世。

第17集

卓凯从航拍机坠毁前所拍摄的片段，发现与欢喜会面的人是作荣，推断保安局要干预崇联社龙头选举。韦杰刑满出狱，卓凯和浩洋前来迎接，惟作荣捷足先登带走韦杰，卓凯闻讯急寻。作荣带韦杰重返旧居，阻挠韦杰出席饭局，要他于亲情与崇联社之间做抉择。卓凯找到韦杰，指证主使刺杀韦杰的人是作荣。卓凯驾车送韦杰往饭局，途中被天堂等人拦截……酒楼内，江湖人士鼓躁，欢喜和九指强率众扰嚷，宣告韦杰不会赴约，要浩洋当众交代……

第18集

韦杰赶上饭局，化解危机，浩洋当选新任龙头。丽群在会议上提出刑事情报科与保安局安全情报机构职能重叠，建议双方共享情报，惟遭反对。会议后，子安以权欺压，丽群不甘示弱。淑梅翻阅卧底笔记，得悉当年永翔取得涉案的闭路电视影碟，却被天堂抢走；玉瑄事后借故到天堂居所搜证，未料天堂折返……作荣重返校园参加学会迎新夜，遇上纪孜。浩洋决心洗白社团，九指强黑道生意受挫，接下欢喜委託，带手下拦截「永恆帮」要员魏进风……

第19集

沐足店员工梅士贵发现家强已故手下的遗书，与蓝楠一起检看后，觉得家强有情有义。九指强失蹤，卓凯怀疑有人溶尸，锁定事件与进风有关。家强得知正植生日，与蓝楠合力製作蛋糕。蓝楠告诉家强已知悉他与正植的父子关係，还感触说起童年家庭变故，二人互勉。欢喜追查「永恆帮」期间，获卓凯通报消息，得以脱险。欢喜向卓凯和家强透露当日欲以九指强作饵，但从闭路电视中目睹他遇害。欢喜相信「永恆帮」与长兴已故龙头魏德信有关……

第20集

玉瑄醒来，惊觉被天堂捆绑囚禁……浩洋为补贴社团兄弟们的损失，不惜出售线上赌场，与买家泰利斯接触。浩洋忆起与亚希共处的时光，向她留言诉说思念。卓凯查探泰利斯底细，中途受袭，卓凯认出此人是对付九指强的杀手。家强为寻回失蹤的丁小嘉，加入调查「永恆帮」。纪孜得悉亚希与浩洋产生感情，仍决意安排亚希继续调查浩洋。家强等人与泰利斯会面洽商，泰利斯召来对付九指强的殷天侠，天侠承认在纽西兰杀掉小嘉，家强呆在当场。

第21集

家强得悉小嘉死讯后几乎失控，惟大任在前，遏止怒气完成洽商。欢喜洞悉家强要为小嘉报仇，不愿家强走上歪路，将家强锁起来，由他代劳。天侠与欢喜枪战，家强赶至，用刑事情报科密码与欢喜行使战略，却遭识破。天侠亦敲起密码，自揭身份……天侠指泰利斯的真正身份是「永恆帮」要员魏进风，其上还有一名话事人。头目刘力威胁要把崇联社分家，浩洋取出数簿应对，亚希暗中录下证据，却被浩洋发现……蓝楠送正植往车站，途中被人掳走。

第22集

家强惊悉蓝楠和正植失蹤，委派亚希使用天眼系统追蹤二人下落。合星为救正植，受景霖胁迫交出警方手上的崇联社数簿。家强暗中为合星解困，合星意识到家强的卧底身份，混乱间合星遇险重伤。浩洋还押监房，为顾全大局不惜独揽所有刑责。欢喜绑架了德信之父魏松山，天侠向进风请示杀掉欢喜，惟遭拒，天侠直觉进风背后潜藏莫大隐秘。淑梅偷看天堂电脑机密，发现真相。天堂向淑梅剖白当年曾被袭击，危急关头得永翔营救……

第23集

有组织罪行调查科当年怀疑天堂涉及杀警，对他严加审问。玉瑄冒雨追来安抚天堂，二人情不自禁拥吻起来。作荣邀纪孜进餐后，纪孜谈及心头好是一枚旧型电梯按钮掣。作荣找买家出让按钮掣，前来的竟是进风。作荣想出法子打开自己收藏的神秘盒子，发现内里暗藏乾坤，他及后却被进风手下掳走。家强帮忙照顾正植，正植不接受家强，竟离家出走……进风电击作荣，质问他为何追查「永恆帮」。作荣趁机逃走，天侠阻止，作荣夺枪相向……

第24集

天侠表露身份，作荣转念继续做人质，追查真相。家强兼顾工作和家庭，疲于奔命。纪孜被掳走押送到基地，作荣为救纪孜枪杀进风手下，此时闪回记忆。天侠发现进风与神秘人会合，欲开枪先发制人，作荣突然射杀进风等人……作荣记起身世，原来他获魏长兴安排借用韦作荣的身份执行使命。两年前，作荣为通过安全情报机构的测谎测试，以催眠抹去相关记忆，并委託进风暂时打理「永恆帮」。作荣悼念进风，剖白自己留恋现有身份，拒走回头路。

第25集

淑梅在网上发布影片，引出丽群就是寄出玉瑄和永翔卧底笔记之人。丽群指子安当年毁掉卧底调查报告，诬陷天堂收取贿款，并说出子安的身份秘密。淑梅为了天堂，决心对付子安。卓凯受丽群招揽，但无意重归警队。纪孜以盗窃警察委任证一事，将淑梅拘捕。卓凯无奈下向纪孜妥协，正式展开代号「影武者行动」的调查任务。正植发高烧送院，蓝楠自责疏忽照料，幸而正植无恙。正植康复后一反常态，对家强大献殷勤，原来正植密谋进行卧底游戏。

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